Не менее важной для эпидемиологии холеры представляется судьба ее возбудителей непосредственно в сточных водах. Это связано не только с тем, что именно канализационные стоки являются основным источником контаминации холерными вибрионами поверхностных водоемов, но и с тем, что существовало много случаев повторного выделения вибрионов Эль-Тор из содержимого канализации при отсутствии в окружении во время таких находок больных холерой и вибриононосителей. Следовательно, речь опять идет о возможности длительного сохранения вибрионов Эль-Тор в канализационной системе. Что особенно важно - это выделение вибрионов Эль-Тор из содержимого канализации происходило после дезинфекции канализационной системы хлорсодержащими препаратами и лизолом. Причины такого явления усматриваются в своеобразии экосистемы канализаций, в ряде случаев весьма благоприятной для длительного сохранения патогенных микроорганизмов. По данным Г. Замфира и С. Апостола (1973), многочисленные виды бактерий и другие субстраты - образователи ила или слизи в канализационной сети дают убежище патогенным бактериям, которые, таким образом, оказываются защищенными от дезинфицирующего действия хлора. Многие наблюдения дают основания утверждать, что, несмотря на выраженную микробную конкуренцию, в канализационной системе иногда могут создаваться экологические условия, более благоприятные для вибрионов Эль-Тор, чем в воде поверхностных водоемов. К таким условиям относятся постоянная температура в канализационной сети - не ниже 16-18 °С, наличие слизистой пленки, выполняющей роль биологической защиты, и др. Сказанное подтверждает выделение вибрионов Эль-Тор из содержимого канализации в осенне-зимний и ранний весенний периоды, когда из воды поверхностных водоемов на тех же территориях эти микроорганизмы не были выделены ни в одном случае. Подобные исследования проводились в Перми (сентябрь - октябрь), г. Горьком (февраль и апрель), Ростове-на-Дону и Уральске (декабрь и февраль), г. Шевченко (ноябрь и январь) и др. В сложные механизмы циркуляции вибрионов Эль-Тор в природных условиях могут быть вовлечены различные обитатели водоемов: беспозвоночные, земноводные, рыбы, птицы. Во время VII пандемии холеры вибрионы Эль-Тор обнаруживали в устрицах, креветках, рыбах, раках, лягушках. По данным разных авторов, в живой речной рыбе вибрион Эль-Тор сохранялся при 20-22 °С до 8 сут, а в устрицах и раках при той же температуре - до 20 сут. Интересные данные получены при исследовании птиц, экологически связанных с водоемами. Их инфицированность вибрионами Эль-Тор оказалась существенно выше, чем у птиц, не связанных с водой.